Байкальский окунь имеет три плавника: спинные — мягкий и колючий, а так же хвостовой плавник, имеющий маленькую впадинку. Покрыт он типично для окуней, прочно сидящими костно-чешуйчатыми пластинками с зубчиками по заднему краю, так называемой ктеноидной чешуей. Эта рыба имеет плоский шип, который располагается на крышечной кости. Окунь имеет пёструю окраску. Его спина темно-зеленого цвета, желтовато-зеленоватые бочки украшены вертикальными полосами которых может быть от 5 до 9 штук., а грудные плавники желтые. Плавники на брюшке, а также заднепроходный плавник и хвост, окрашены в ярко-красный цвет. На одном из спинных плавников имеется большое пятно черного цвета на конце. Сам плавник сизого цвета. Второй плавник зеленовато-желтого цвета. У окуня оранжевого цвета и больших размеров глаза. Байкальский окунь представляется глубоководной байкальской и мелководной озерно-соровой формами. Эти формы отличаются местами проживания, размножения, а так же своим размером.

Окунь является широко распространенным видом рыб. Окунь в больших количествах обитает в тёплых мелководных участках (в сорах), а также в заливах, в бухтах, вблизи устьев рек. А именно, на севере озера Байкал, в той части, называемой Малое Море, заливе Мухор, в заливах Чивыркуйском и Баргузинском, в сорах Посольском, Дубининском, Северобайкальском, Рангатуй, Истокском, и в некоторых реках.